Jezioro leżące w zachodnim zakątku Suwalskiego Parku Krajobrazowego jest najgłębszym jeziorem w Polsce, a także jednym z najgłębszych w Europie (108,5 m). Jest to typwe jezioro rynnowe o długości 4500 metrów, maksymalnej szerokości 1185 m. i powierzchni 304 ha. Średnia głębokość wynosi 42 metry. Poniżej 100 m. znajduje się aż 12 ha dna! Długość linii brzegowej wynosi około 11 km. Na brzegach i dnie jeziora zalęgają głazy, szczególnie w jego południowej części. Misa jeziora została wyrzeźbiona przez wody płynące pod lodowcem. Nazwa jeziora wywodzi się z litewskiego słowa "antis" oznaczającego głęboka dolinę.

Jezioro Hańcza jest zbiornikiem wodnym o bardzo czystej wodzie, w jego wodach występują niewielkie widłonogi (Eurythemora gracilis) znane wyłącznie z wód północnej Syberii. Lustro wody leży na wysokości 227 m n.p.m.

Brzegi pokryte licznymi głazami, w większości strome i wysokie, linia brzegowa urozmaicona malowniczymi zatokami i półwyspami. Dno urzeźbione rowami, dołami i stromymi wąwozami. Hańcza jest jeziorem α - mezotroficznym o wodach bardzo czystych i o dużej przezroczystości. Roślinność jeziora jest bardzo uboga.

Zooplankton charakteryzuje się występowaniem skandynawsko - bałtyckich gatunków skorupiaków. Spośród ryb występuje tu m. in. głowacz pręgopłetwy, sieja, sielawa. Ze względu na unikalny charakter jeziora, w 1963 roku utworzono tu rezerwat wodno-krajobrazowy "Jezioro Hańcza".